Lasciata l'isola della Sardegna i corridori sono approdati su un'altra isola la Sicilia, partendo da Cefalù. In queste sei giornate i ciclisti sono transitati sulle strade della Sicilia, Calabria, Basilicata, Puglia, Molise e Abruzzo concludendo sulle rampe del Blockhaus.
4a tappa: 09/05 Cefalù-Etna di 181km. Prima tappa di montagna con l'arrivo in salita. Al chilometro 2 vanno in fuga Brutt, Alafaci, Polanc e Jense Van Rensburg. Il traguardo volante di Bronte ha visto transitare per primi Brutt, Polanc e Jense Van Rensburg, anche se ai -30 rimangono solo lo sloveno e il sudafricano. Appena comincia la salita per l'Etna Polanc prova a scalarlo per primo e dal gruppo scatta Tiralongo ma lo lasciano andare poco lontano. Ai -12 Rolland tenta di allungare seguito da Bilbao Lopez ma quest'ultimo non ce la fa. Dopo di che evadono Pelizzotti e Anacona però non hanno successo. Nel tratto più duro il gruppo di trentacinque ciclisti riprende i fuggitivi tranne Polanc. Ai -3,2 Hansen fugge via e dallo striscione dei 3km all'arrivo va al suo inseguimento Nibali, ma gli altri annullano l'attacco dei due. Poi ci riprovano Hansen e Anton ma niente e al km1,5 parte deciso Zakarin. Dopo 179 chilometri di fuga Jan Polanc ce la fa a tagliare per primo il traguardo, poi Zakarin e dal gruppetto Thomas. La maglia rosa finisce sulle spalle di Bob Jungels.
5a tappa: 10/05 Pedara-Messina di 159km. Sono scappati subito dal km0 Shalunov e Paterski. La tappa si districata fra le strade dei paesini della Sicilia; ai -14,6 i due fuggitivi di giornata sono stati riassorbiti dal gruppo. Poi nel circuito cittadino al primo passaggio allunga Pibernik ma fa poca strada. Rettilineo finale con la risalita della Quick Step Floors che permette la doppietta a Fernando Gaviria, in rimonta Mareczko e dopo Bennett.
6a tappa: 11/05 Reggio Calabria- Terme Luigiane di 217km. I fuggitivi di giornata sono stati Pedersen, Stuyven, Andreetta, Dillier e Postlberger, che sono andati spediti e hanno fatto impegnare il gruppo per recuperarli senza riuscirci. Ai -5,5 rimangono Stuyven, Dillier e Postlberger che vanno a tutta. Poi c'è lo sprint fra lo svizzero e il belga che vede vincente Silvan Dillier, a pochi centimetri Stuyven e poco dietro Postlberger.
7a tappa: 12/05 Castrovillari-Alberobello di 224km. Gli unici ad andare in fuga sono stati Kozontchuk, Fonzi e Ponzi, che da subito è costretto a ritornare in gruppo per un problema meccanico. I due proseguono a testa bassa fino ai -18,7. Poi il gruppo si prepara per la volata in mezzo ai trulli di Alberobello, ma nello strappo Koren fa una fiammata e il gruppo inesorabile va avanti facendo uno sprint al fotofinish: Caleb Ewan, Gaviria e Bennett.
8a tappa: 13/05 Molfetta-Peschici di 189km. Via velocissimo e la fuga ha difficoltà a crearsi ma a Margherita di Savoia se ne vanno in 13(Albanesi, Maestri, Barta, Juul Jensen, Ferrari, De Buyst, Howes, Paterski, Samoilau, Didier, Sbaragli, Keisse, Kuznetsov) e successivamente si aggiungono Muhlberger, Postlberger e Sanchez. Dietro Wilier Triestina e Gazprom Rusvelo non vogliono far prendere troppo spazio a quelli davanti. Nella salita Monte Sant'Angelo Sanchez e Samoilau scattano, poi lo spagnolo rimane da solo. In testa al gruppo, intanto, rompono gli indugi Visconti, Conti e Villella che raggiungono Postlberger, Muhlberger, Didier, Samoilau, Sbaragli. In discesa evadono dal gruppo anche Amezqueta, Chevrier, Izaguirre e Rovnny che insieme agli altri vanno all'inseguimento di Sanchez. Questi 12, a cui si aggiungono Barbin e Boem, riacciuffano il fuggitivo solitario e continuano, però dai 36,7 all'arrivo provano ad andarsene Conti, Izaguirre, Muhlberger, Visconti e Sanchez, che vanno forte e d'accordo. Visconti lascia la compagnia ai -10,6 ma dopo 600metri ritornano sotto Conti, Izaguirre e Sanchez. Dal gruppo ci prova Landa che è in rimonta sui fuggittivi però gli altri non gli lasciano spazio. Dall'arco dell'ultimo chilometro cade Conti e Gorka Izaguirre fa un bel e lungo sprint in salita, più staccati Visconti e Sanchez.
9a tappa: 14/05 Montenero di Bisaccia-Blockhaus di 149km. Montaguti, Sanchez, Fraile, Tratnik, Marcato, Keisse, Pedersen, Tcatevich e Busato sono stati i primi a scappare dal gruppo. Parecchi cercano di andarsene e al 126km tre prendono il largo Modolo, Rolland e Marczynski. Si congiungo dopo una quarantina di chilometri formando un gruppetto di 12 ma la Movistar non lascia a loro molto spazio, infatti vengono riassorbiti ai -24,5. Marczynski, Tratnik e Rolland, che si rialza presto, provano a rimanere in testa solo per altri 2 chilometri. Prima dei duri 13,5km del Blockhaus c'è una brutta caduta che coinvolge diversi corridori fra i quali Landa, Thomas e Yates. Il forcing della Movistar fa un'incredibile selezione. Al km 6,8 parte Quintana, al quale rispondono Nibali e Pinot, poco dietro ci sono Mollema, Dumouli e Pozzovivo. Dopo quattro scatti rilancia deciso Quintana; prova a seguirlo Pinot che viene riacciuffato da Mollema e Dumoulin, ma il francese non ci sta e riscatta ricevendo una risposta solo da uno dei due olandesi. La coppia Pinot-Dumoulin tenta di riprendere il colombiano però Nairo Quintana fa l'impresa sui 1674m del Blockhaus vincendo tappa e maglia rosa, a 24 secondi sprint di Pinot e Dumoulin.