Per la 99esima edizione del Giro d'Italia la carovana è partita dai Paesi Bassi. La prima tappa del 2016 si è corsa nella città di Apeldoorn, che è situata all'interno del Parco nazionale di Verluwe, uno dei più grandi d'Europa. Nei due giorni successivi i corridori hanno corso per le Gederlaand, zone ricche di immense pianure verdi, canali, mulini e caratteristici paesini con case con i tetti spioventi.
1a tappa: 06/05 Apeldoorn-Apeldoorn di 9,8km. Il Giro d'Italia 2016 è iniziato con una cronometro individuale con partenza all'interno del velodromo di Apeldoorn e poi una corsa lungo le strade cittadine. Il primo e maglia rosa inaugurale è stato l'olandese Tom Dumoulin percorrendo i 9,8km in 11 minuti e 3secondi, con un solo centesimo di distacco da Roglic e Amador a 6 secondi.
2a tappa: 07/05 Arnhem-Nijmegen di 190km. Al km 0 partono Berlato, Tjallingii e Fraile Matarranz riuscendo a cumulare un vantaggio massimo di 10minuti. Durante il percorso hanno per un breve tratto sconfinato nella regione della Westfalia in Germania e poi ai -20 il gruppo riprende Tjallingii e Fraile, mentre Berlato ha proseguito da solo per altri 10km. Dopo aver fatto per 2 volte un circuito di 8,6km c'è stata una volata con distacco vinta da Marcel Kittel, poi Demare e Modolo.
3a tappa: 08/05 Nijmegen-Arnhem di 190km. Come il giorno prima pronti, via scattano Berlato, Tjallingii, Van Zyl e poco dopo li ha raggiunti Amezqueta. In alcuni tratti pianeggianti ci sono stati diversi tentativi di sfruttare il forte vento per spezzare il gruppo, senza successo. Ai -12 se ne va Van Zyl lasciando che gli altri 3 fuggitivi venissero riassorbiti dal plotone. Il gruppo però lo riprende ai 1700metri dalla fine per concludere in volata con la doppietta di Marcel Kittel, che ha anche conquistato la maglia rosa, e dietro Viviani e Nizzolo.